《监狱学园》讲述了东京郊外的私立八光学园的故事，这所为了培养大小姐的贵族学校从公元2011年4月正式改为男女合校，首批入学的男子有五个人。 他们并不是全员都俊美，甚至相貌属于很不起眼的类型。其中一名叫藤野清志的男生，虽然因被女生包围而感到雀跃不已，但是在其他四名男生怂恿之下，半推半就参与了偷窥女生洗澡的活动！东窗事发之后还被地下学生会监禁。
在周围1000位女生的女校范围内，这些男生能够克制住自己蓬勃的青春欲望吗？主人公藤野清志等人的命运究竟如何呢？究竟他是否能够和千代一起去看相扑比赛呢？热血的校园脱狱青春喜剧就此展开！