AE的AEP工程文件只是对你电脑上的素材，比如图片、声音、视频。保存的只是他们之间的关系，修改后的样子。
但你将图片素材删除了，肯定会找不到原来素材，AE的工程文件里保存的关于你那图片的动画、设置。删除了图片也都会因为找不到原图片而报错。
最科学的保存方法是，你要有个素材文件夹，将你要做动画的素材分类保存到你的素材文件夹，做完后保存AEP文件（也就是你的AE项目文件），等你下次使用时，即使是换了台电脑，你只需要将你的素材文件夹和AEP项目文件一起拷贝走了，就可以使用了。
不知道你明白了没有，手动党。累。